Tijdens het Nederlands bestuur in Nieuw-Guinea kon vanaf 1956 tot en met 1962 worden gevlogen met de luchtvaartmaatschappij Kroonduif. De Nederlandse KLM stationeerde zijn eerste vliegtuig in 1950 op de door de Japanners in WOII gebouwde vliegbasis Mokmer op het eiland Biak. In juli 1955 werd besloten dat de Nederlands Nieuw-Guinea Luchtvaart Maatschappij (NNGLM) een dochter van de KLM zou worden onder de naam Kroonduif. Die ging vanuit Biak als basis vliegen naar de plaatsen Hollandia, Merauke, Tanah Merah, Sorong en naar het eiland Numfoor.
Nederlands laatste grote, en meest kostbare, expeditie gaat na een jarenlange voorbereiding in 1959 naar het Sterrengebergte in Nieuw-Guinea. Vier jaar voor de overdracht aan Indonesië namen wetenschappers van een groot aantal disciplines aan deze expeditie deel om het laatste onbekende deel van de Nederlandse kolonie in kaart te brengen. Tijdens de expeditie waren er tegenslagen en conflicten in overvloed. 
Over de prehistorie van het voormalig Nederlands Nieuw-Guinea is weinig bekend. Door de natuurlijke gesteldheid van het land, zijn er vrijwel geen sporen uit het verleden nagelaten. Ook de vroegere semi-nomadische levensstijl van veel Papua-volken werkte daaraan niet mee. De eerste bewoners van Nieuw-Guinea zouden meer dan 50.000 jaar geleden, via Zuidoost-Azië, op het eiland zijn neergestreken. Vanaf het begin van de megalithische periode van 40.000 tot 30.000 voor Christus is er een beeld te geven van die tijd. 
Op 18 november 2004 is op de weg van Jayapura naar Sentani een monument onthuld om te herdenken dat 55 jaar eerder de eerste DETA-contractant voet op Nieuw-Guinese bodem heeft gezet. Het gedenkteken werd gemaakt door de vroegere DETA-mannen Daan Sahetapy, Nico van Balgooij en Ruud Tomasouw. Net voor de overdracht van Nederlands Indië op 27 december 1949 wierf het Nederlandse Gouvernement meer dan 1000 jonge Indische Nederlanders aan om gedurende één jaar bij de Dienst Economische en Technische Aangelegenheden (DETA) als kwartiermakers aan de opbouw van Nederlands Nieuw-Guinea te gaan werken, dat vooralsnog was uitgezonderd van de soevereiniteitsoverdracht. 
In Londen wordt in het begin van de oorlog door koningin Wilhelmina en door de illegale krant Het Parool gepleit om NSB’ers als groep naar Borneo, Suriname of Nieuw-Guinea te deporteren om daar dwangarbeid te verrichten. Dat inzicht verandert enigszins tegen het einde van WOII. Minister Jaap Burger (een Engelandvaarder op Binnenlandse Zaken) pleit op 29 januari 1944 voor het detineren van landverraders in afwachting van hun berechting. 
De Noord Nieuw-Guinea Expeditie in 1903 is de eerste officiële Nederlandse expeditie in Nieuw-Guinea en heeft als doel de verkenning van de noordkust van het Nederlandse deel van het eiland en onderzoek of er exploiteerbare steenkoollagen aanwezig zijn. Het onderzoek richt zich op de omgeving van de Geelvinkbaai en Humboldtbaai, inclusief het Sentanimeer. De leider van de expeditie is Duitse geoloog Arthur Wichmann, grondlegger van de aardwetenschappen aan de Universiteit Utrecht.
Op Valentijnsdag 2008 (donderdag 14 februari 2008) heeft het geschiedenisprogramma ‘Andere tijden’ het ontroerende verhaal uitgezonden van de verboden liefde tussen een Nederlandse pater en een jonge Papua-vrouw in Nederlands Nieuw-Guinea, die uitgroeit tot een enorm schandaal. Het stel vlucht het oerwoud in om de woede van de bisschop te ontlopen. 
Op 18 november 1961 kapseist de houten catamaran van de net afgestudeerde Amerikaanse student Michael Clark Rockefeller op een reis tussen de kustdorpen Agats en Atsj in het zuiden van Nieuw-Guinea door de zware golfslag van de Arafura Zee. Michael neemt het besluit om zwemmend hulp te gaan halen. Hij zwemt naar de moerassige oever die bezaaid is met krokodillen. 
Op 5 april 1961 werd in Nederlands Nieuw-Guinea de Nieuw-Guinea Raad ingesteld. Het was een belangrijk moment in een periode (1959-1962) waarin het gedemocratiseerd bestuur echt vorm kreeg in de Nederlandse kolonie. Naast de Nieuw-Guinea Raad werden er ook streekraden gekozen, die fungeerden als ‘onderafdelingen’. Deze streekraden vormden een schakel tussen de dorpsraden en de Nieuw-Guinea Raad. In 1961 werd de streekraad Dafonsoro ingesteld, genoemd naar de hoogste bergtop in het gebied van de toenmalige onderafdeling Hollandia.